ho scoperto sul sito di wine alla pagina di emule che è possibile abilitare anche l'icona nella traybar!
basta aprire winecfg, aggiungere il nostro emule.exe e una volta selezionato togliere la spunta a "Allow the window manager to control the windows" nella scheda "Graphics"
la finestra non sarà più gestita dal nostro decoratore di finestre ma da wine stesso e in questo modo invece di ridursi ad icona il programma se ne adrà nella traybar!
magari può essere utile a qualcuno...