Più che tentare con un software diverso, se il problema è l'audio mp3 vbr, si può "mettere a posto" preventivamente l'audio prima di convertire in dvd (anche se l'operazione degrada, più che altro impercettibilmente, la traccia perchè avviene un'ulteriore conversione).
Se hai ancora il file .avi originale da cui è derivato il dvd fuori tempo si può vedere subito se la causa è questa, altrimenti dovrai attendere la prossima volta che ti capita.
Se c'è la coincidenza audio mp3 vbr = sfasamento nel dvd, la cura è ricomprimere con virtualdub/lame la traccia audio prima di convertirla in dvd con nero, in modo da presentare a nero audio mp3 CBR (bitrate costante).