Come nella maggioranza dei problemi misteriosi, occorre andare per esclusione, e si potrebbero tentare varie cose per avere un quadro più preciso. Fossi in te, prima di tutto guarderei nel task manager (atl+ctrl+canc) se il processo emule.exe monopolizza la il processore (viene dato con percentuali altissime nella colonna CPU). E proverei subito ad usare un altro emule, una versione MODificata, per esempio
eMule MorphXT, dopo aver disinstallato quella attuale e non aver condiviso niente nè indicato cartelle con file incompleti o temporanei (per quello c'è sempre tempo).
In ogni caso, un emule "sano" deve diventare operativo nel giro di al massimo un minuto (ma anche molto meno).
Altre precisazioni: sei sicuro di avere abbastanza spazio su disco? La cartella di download è nella partizione di sistema (magari stra-frammentata)? Condividi molti file? Sei connesso tramite router? Non c'è la scritta "hashing" nella status bar di emule mentre è mezzo bloccato?