Provato con
TMPGEnc MPEG Editor? Ovvero il migliore, a mio avviso, nel campo CUT/JOIN di qualsiasi MPEG.
Non è che per caso il tuo Mpeg2 è incapsulato in un VOB? In questo caso credo basti selezionare come tipo di file da aprire la voce "Tutti i fles" (o chi per lui) in modo da visualizzare tutte le estensioni.