Re:
Non sono sicuro, ma il problema forse è proprio il javascript che hai inserito in tutte le pagine.
Mi sembra che il javascript si attivi quando la pagina che stai vedendo (self.name) e quella che contiene le istruzioni per disegnare i frame (top.name) sono la stessa pagina (ovvero se non ci sono i frame).
Quando explorer visualizza il dominio .tk, probabilmente top.name vale 'content' (il nome che tk da al frame che contiene il tuo sito..se guardi l'html della pagina lo vedi), mentre il nome del frame che visualizza le pagine del tuo sito sarà diverso.
Purtoppo non si può levare dallo script la prima riga, perchè lo script deve creare i frame solo quando serve.
Siccome non sono un esperto di javascript le cose che ti ho detto prendile con le molle, tuttavia fossi in te farei qualche prova chiamando "content" il frame nel quale vengono visualizzate le pagina del tuo sito.
Altra possibilità potrebbe essere il modificare l'if iniziale in modo che vada bene anche nel tuo caso, oppure levare definitivamente quel javascript e farsene uno che non venga attivato dai nomi dei frame ma da qualcos'altro (tipo gli indirizzi delle pagine)
Ciao