Nella scheda 'cerca', portati nel box dove solitamente inserisci il nome dle file che cerchi, clicca una volta e poi fai ctrl + canc...
edit: per eliminare la cronologia dei file scaricati, se non ricordo male devi eliminare il file di emule known.met che contiene, appunto, la cronologia. Emule ricreerà automaticamente questo file all'avvio successivo.