Virtualdub è proprio il software che ti occorre.
Devi tagliare gli spezzoni utilizzando gli appositi marcatori di inizio-fine e salvarli in singoli files. Una volta fatto questo, apri il primo spezzone salvato e, tramite l'opzione "append avi segment" aggiungi gli altri.
Nella sezione technet esistono ottime guide per il corretto utilizzo del software.
Ciao