Non avevo stranamente notato il thread, ieri.
Comunque, la risposta è semplicissima: devi usare NANDUB e non virtualdub.
Virtualdub non gestisce correttamente l'audio mp3 a bitrate variabile (vbr) e la mancata sincronia dipende da quella.
In questi casi occorre usare sempre e solo NANDUB, che è una versione modificata di virtualdub (è vecchia ma è quasi completamente uguale all'attuale virtualdub).
Link e varie cose
qua
Per il resto, fai con nandub esattamente quello che faresti con virtualdub e sei a posto.
Ricorda di usare NANDUB ogni volta che virtualdub ti avvisa del fatto che l'audio è mp3 vbr.
Anzi, usando GPSOT preventivamente, saprai già in anticipo se l'audio è normale mp3 cbr (a bitrate costante) o vbr, perchè GSPOT lo segnala.
ciao
Paolo