Magari dico una serie di stupidaggini e nel caso frustatemi pure.
Usa un workaround bizantino.
qui
E' una variante del metodo che hai provato ad esporre.
Se modifichi il boot.ini e crei una scelta mutiboot [ questo e' essenziale] e se per caso si verifica un loop sulla mod provvisoria, riavvii e puoi rientrare in modalita' normale e risistemare le cose.
Altra cosa che mi viene in mente e': se il rootkit ti ha alterato la MBR con il cdrom di Windows fai un fixmbr e un fix boot e verifichi se funziona, permettendoti di avere la modalita' provvisoria.