Quei file non sono file di windows, sono i file del trojan, pero' questo probabilmente aveva modificato il sistema in modo da far passare l'esecuzione dei programmi EXE attraverso il trojan stesso e cancellandolo il sistema non sa piu' come lanciare i file exe.
Considerando che si tratta di Win98, io farei un backup dei dati sensibili a scanso di equivoci (ci sarà pure, un masterizzatore..? ) e reinstallerei windows 98 su se stesso, cosa che sicuramente risolverà il problema.
La prossima volta, non è il caso di cancellare programmi senza sapere cosa si sta facendo, fossero pure dei TROJAN o VIRUS occorre sapere come agire. E poi, un antivirus aggiornato mica fa schifo...
ciao
Paolo